Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı Terör Suçları Soruşturma Bürosunca hazırlanan Hakan Kuytul hakkındaki iddianamede, darbe girişiminden birkaç ay sonra İstanbul'da FETÖ'nün jandarma mahrem yapılanmasında "Marmara Bölge Sorumlusu" olduğu tespit edilen Nihat K.'nın evinde ele geçirilen dijital materyalde, flaş bellek ve SD kartta örgütün Jandarma Genel Komutanlığı mahrem yapılanmasında görevli kişilerin bilgilerinin olduğu program tespit edildi. Program kapsamında elde edilen bilgilerde, Kuytul'un FETÖ/PDY silahlı terör örgütünün jandarma mahrem yapılanmasında yer aldığının anlaşıldığı, dosya içindeki tanık beyanları ile şüphelinin örgütün jandarma yapılanmasında mahrem hizmetler sınıfında üst düzey sorumlu olarak yer aldığı belirlendi.