El libro no era un simple tratado de astronomía; era un ataque frontal contra la superstición y la credulidad humana. Sin embargo, el punto más revolucionario y polémico del libro fue su tesis sobre la moral y la religión. Bayle sostuvo que la idolatría y la superstición eran peores que el ateísmo. Para el escándalo de católicos y protestantes por igual, afirmó que una sociedad de ateos podía ser perfectamente moral, ordenada y pacífica, ya que las acciones humanas están guiadas por las pasiones, las costumbres y las leyes civiles, y no por las creencias teológicas. Pierre Bayle demostró que el escepticismo y la duda metódica no son debilidades, sino las herramientas más poderosas para emancipar la mente humana del miedo y el dogmatismo.