В Кыргызстане принят Кодекс о торговом мореплавании, который впервые комплексно регулирует морские перевозки, регистрацию судов и их работу под государственным флагом страны. Таким образом, судно фактически может находиться и работать в морях за тысячи километров от КР, но юридически иметь кыргызстанскую регистрацию и ходить под флагом КР. Есть и ограничения: под кыргызстанским флагом нельзя регистрировать ядерные суда, суда для перевозки опасных ядерных материалов и взрывчатых веществ, военные корабли и военно-вспомогательные суда. Международные перевозки в интересах Кыргызстана между портами других государств смогут выполнять как суда под кыргызстанским флагом, так и иностранные. Кодекс распространяется и на суда внутреннего плавания в КР, в том числе на Иссык-Куле, но в соответствующей части их продолжат регулировать законодательством о внутреннем водном транспорте.