Su proyecto estuvo concentrado en la liberación del territorio, en la conservación del poder político y en la construcción de una gran unidad regional. Poco después de los gobiernos de Núñez, Colombia enfrentó la guerra de los Mil Días y la posterior separación de Panamá. Ambos acontecimientos demostraron que el Estado seguía siendo débil y que necesitaba fortalecer sus instituciones, su economía y sus Fuerzas Armadas. También promovió la profesionalización militar y la creación de instituciones de formación para los integrantes de la Fuerza Pública. Porque una República no se sostiene por el nombre de sus héroes, sino por la solidez de sus instituciones.