Μία από τις βαλίτσες του είχε ήδη κριθεί ύποπτη μετά από έλεγχο με ακτίνες Χ και από το σύστημα ανάλυσης κινδύνου. Ο πιλότος, ο οποίος είχε μόλις εκτελέσει πτήση από την Κουάλα Λουμπούρ, βρέθηκε θετικός σε κοκαΐνη και μεθαμφεταμίνη. Ο έλεγχος του κυβερνήτη της Malaisian Arlines καταγράφηκε από κάμερες ασφαλείας μετά την πτήση που εκτέλεσε από την Κουάλα Λουμπούρ προς την Τζακάρτα. Οι τελευταίες στιγμές του βίντεο από το κλειστό κύκλωμα ασφαλείας δείχνουν αστυνομικούς να παρουσιάζουν ένα και ένα μικρό μπουκάλι, το οποίο φέρεται να περιείχε ούρα. Ο πιλότος φέρεται να δήλωσε στους ερευνητές ότι είχε συμφωνήσει να μεταφέρει τα ναρκωτικά στην Ινδονησία έναντι αμοιβής.