BMAC sẽ điều tra xem có vi phạm quy trình vận hành tiêu chuẩn hay các yếu tố khác dẫn đến việc ma túy được đưa ra khỏi Malaysia hay không.Theo kết quả điều tra ban đầu, hành lý của phi công đã trải qua đầy đủ các bước kiểm tra an ninh trước khi lên máy bay. Hiện cảnh sát Malaysia đã cử điều tra viên chuyên trách về ma túy sang phối hợp với nhà chức trách Indonesia để làm rõ cách thức cất giấu và toàn bộ đường dây liên quan. Lô ma túy có giá trị ước tính khoảng 60 tỷ rupiah Indonesia. Một quan chức hải quan Indonesia cũng cho biết kết quả xét nghiệm nước tiểu cho thấy nghi phạm dương tính với ma túy đá, thuốc lắc và cocaine. Theo kết quả điều tra ban đầu, người này được cho là đã sử dụng các chất ma túy trong suốt chuyến bay.