Σε ότι αφορά τα πρόστιμα, αυτά ξεκινούν από 100-130 ευρώ για τα αυτοτελή διαιτολογικά γραφεία και τις πολυδύναμες διαιτολογικές μονάδες και από 140 ευρώ για τα εργαστήρια αισθητικής, σε περιπτώσεις μέτριου κινδύνου, ενώ σε περιπτώσεις υψηλού κινδύνου, τότε τα πρόστιμα κυμαίνονται από 200-260 ευρώ για τις διαιτολογικές μονάδες και 280 ευρώ για τα εργαστήρια αισθητικής. Εφόσον όμως πρόκειται για έλλειψη γνωστοποίησης της επιχείρησης, τότε το πρόστιμο φτάνει τις 3.000 ευρώ, ανεξάρτητα από το μέγεθος της επιχείρησης. Η ίδια νομοθεσία, για τις περιπτώσεις γνωστοποίησης και έγκρισης προβλέπει πρόστιμα παράβασης που φτάνουν μέχρι και 100.000 ευρώ. Οι ελεγκτές δεν εφαρμόζουν τη διαδικασία του ΜΕΣ και λαμβάνουν άμεσα μέτρα υψηλής έντασης για τον αποτελεσματικό έλεγχο του κινδύνου. Σε περίπτωση έλλειψης γνωστοποίησης λειτουργίας του οικονομικού φορέα, ο ελεγκτής σταματά τον έλεγχο και δεν προχωρά στα επόμενα σημεία ελέγχου του φύλλου ελέγχου.