Žbogar je pred dvema tednoma podal odstop s položaja iz osebnih razlogov. Žbogar je takrat potrdil, da je ministrstvu za zunanje zadeve poslal dopis, da s 1. septembrom odstopa iz osebnih razlogov. Dodal je, da razlogov tudi v dopisu ministrstvu ni navedel. V času prejšnje vlade, ko je zunanje ministrstvo vodila ministrica Tanja Fajon (SD), je bil najprej njen državni sekretar. Poleti 2023 je bil imenovan za vodjo posebne misije za nestalno članstvo Slovenije v Varnostnem svetu ZN, februarja lani pa je prevzel vodenje slovenskega stalnega predstavništva pri ZN.