Saat ini, Kemenag tengah memfinalisasi naskah akademik untuk diserahkan ke Kementerian PAN-RB. Sekretaris Jenderal Kemenag, Kamaruddin Amin, menyebut ikhtiar tersebut sudah dilakukan sejak lama. Saat ini, pesantren masih berada di bawah naungan Direktorat Pesantren, Direktorat Jenderal Pendidikan Islam, Kementerian Agama. “Kami berpendapat bahwa lembaga saat ini tidak lagi memadai untuk mengelola dan memanage pesantren. Butuh lembaga yang lebih besar, yaitu Direktorat Jenderal,” kata Kamaruddin di sela kegiatan Musabaqah Qira’atil Kutub (MQK) Internasional di Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan, Jumat (3/10/2025).