ويعد العثور على ضحايا الاختفاء في السودان أحد أبرز التحديات التي تواجه الأسر والمنظمات العاملة في هذا المجال. وطبقًا للخبير الحقوقي محمد بدوي فإن ظاهرة الاختفاء القسري في السودان ارتبطت بفترات النزاعات المسلحة والأنظمة الديكتاتورية، وامتدت آثارها إلى الفترات الانتقالية. بدورها، قالت المتحدثة باسم مبادرة مفقود، عبير سليمان، إن ضحايا الاختفاء القسري في السودان تجاوزوا 50 ألف شخص، من دون أن تكون هناك إحصاءات رسمية دقيقة. تعمل المجموعة السودانية في الجانب القانوني بفتح بلاغات في النيابات المتوفرة في المناطق الآمنة، وتقوم بإجراءات عاجلة للجنة الخاصة بالاختفاء القسري في جنيف. ولفت إلى أن ظاهرة الاختفاء القسري ليست جديدة في السودان، حيث تعود إلى العام 1989.