وغمرت مياه نهر النيل مساحات واسعة من المزارع والأراضي الزراعية شمالي ولاية الخرطوم وفي ولايتي نهر النيل والشمالية (شمالا) . كما غمرت مياه نهر النيل الأزرق عدة مناطق في ولايات النيل الأزرق وسنار (جنوب شرق) والجزيرة (وسط) والخرطوم، كما تضررت ولاية النيل الأبيض (جنوب) بمياه نهر النيل الأبيض وكذلك مناطق جنوب الخرطوم. وفي ولاية الجزيرة وسط البلاد غمر فيضان مياه نهر النيل الأزرق المزارع في مناطق ديم المشايخة، وأم دلكة، وقندال جنوبي الولاية. ويحصل نهر النيل على 80 إلى 85 بالمائة من مياهه من النيل الأزرق عند التقائه مع نهر النيل الأبيض في نقطة "المقرن" بالعاصمة السودانية، ليواصل مسيرته إلى مصبه في البحر الأبيض المتوسط. ومعظم المياه القادمة من النيل الأزرق إلى النيل الرئيسي تأتي في فصل الصيف (موسم الأمطار)، وخلال بقية العام يكون جريان المياه ضعيفا.