A Polícia trabalha com duas linhas de investigação sobre a morte dele: uma é de que ele pode ter sido assassinado como retaliação pelo trabalho que fazia na prefeitura. Outra, é de que seria uma vingança encomendada pelo Primeiro Comando da Capital, o PCC. Enquanto esteve na ativa da Polícia Civil paulista, o delegado assassinado foi pioneiro nas investigações sobre a facção. Em 2019, o Ministério Público de São Paulo chegou a identificar uma ordem do criminoso para assassinar Fontes. A defesa negou que Marcola tenha qualquer relação com a emboscada que assassinou o delegado no último dia 15.